Nejvýznamnější a také nejrozsáhlejším (cca 36250 svazků) celkem je fond historické muzejní knihovny, který obsahuje tisky z dlouhého období sahajícího od poslední čtvrtiny 15. století do poloviny 20. století. Sestává ze dvou základních součástí - staré muzejní knihovny a knihovny píseckého gymnázia.

Těžištěm knihovny je odborná produkce (včetně periodik) z různých oborů z 19. a počátku 20. století. Důležitou součástí knihovny jsou stovky starých tisků, mezi nimiž vynikají především tři inkunábule a dále několik desítek raných tisků, včetně paleotypů. Mezi rukopisy je hodnotný soubor modlitebních knížek z konce 18. až z poloviny 19. století. Ucelenou skupinu tvoří také soubor výročních zpráv gymnázií z celého území habsburské monarchie od počátku 19. století. Od roku 2001 je správcem této podsbírky Mgr. Jan Adámek, zároveň vedoucí knihovny. Badatelům je k dispozici studovna s přístupem na internet a zejména elektronický online katalog.